當BOT投資契約爭議無法經由和解、調解得到解決時，具判斷拘束力的仲裁制度常優先被考慮採用。促參法於2000年2月9日公佈施行，2001年修正施行，修法重點為：（1）確保公共利益。（2）法規鬆綁。（3）增加合理化誘因。（4）作業明確化等四個方向。促參法修正草案（2010年9月10日版）第48條之1第1及第2項規定：「投資契約應明定組成協調委員會(DRB)，協調履約爭議。履約爭議未能達成協議者，得以下列方式之一處理：(1)申請調解；(2)提付仲裁；(3)提起民事訴訟。前項第一款之調解屬民間機構申請者，主辦機關不得拒絕；調解之程序及其效力，準用民事訴訟法有關調解之規定。」然而決定下一步究應採仲裁或訴訟程序處理者，係由主辦機關依BOT專案特性考慮並載明於投資契約中。另仲裁法第37條第1項規定：「仲裁人之判斷，於當事人間，與法院之確定判決，有同一效力。」又同條2項前段規定：「仲裁判斷，須聲請法院為執行裁定後，方得為強制執行。」故BOT仲裁判斷經法院執行裁定後，該執行裁定即為執行名義，此種執行名義「及於人之效力」，即此種執行名義符合強制執行法第4條之2第1項第1款之規定，執行名義為確定終局判決者，除當事人外，對於訴訟繫屬後為當事人之繼受人及為當事人或其繼受人占有請求之標的物者亦有效。惟仲裁法第37條第2項後段規定：「但合於下列規定之一，並經當事人雙方以書面約定仲裁判斷無須法院裁定即得為強制執行者，得逕為強制執行︰(1)以給付金錢或其他代替物或有價證券之一定數量為標的者。(2)以給付特定之動產為標的者。」所以如採仲裁程序解決BOT投資契約履約爭議，且於投資契約中約定，如該等爭議係以給付金錢之一定數量為標的者，則仲裁判斷自無須經法院裁定即得強制執行。至於仲裁庭之組成，仲裁法第1 條規定：「有關現在或將來之爭議，當事人得訂立仲裁協議，約定由仲裁人一人或單數之數人成立仲裁庭仲裁之。」及第9條第1項規定：「仲裁協議，未約定仲裁人及其選定方法者，應由雙方當事人各選一位仲裁人，再由雙方選定之仲裁人共推第三仲裁人為主任仲裁人，並由仲裁庭以書面通知當事人。」實務上，我國一般工程仲裁案件大多由3為仲裁人組成仲裁庭。

     BOT投資契約第48條之2所謂之仲裁，並非強制仲裁，以免有排除訴訟基本權之疑慮，此與採購法第85之1條第2項之「先調解，後仲裁」機制有間，此等內容顯與大法官釋字第591號解釋理由書相符，又BOT投資契約既在促參法第12條第1項規定：「主辦機關與民間機構之權利義務，除本法另有規定外，依投資契約之約定；契約無約定者，適用民事法相關之規定。」以仲裁解決BOT投資契約爭議之機制，係本於契約自由原則，以當事人之合意為基礎，選擇依仲裁之途徑處理爭議問題，兼具有程序與實體法之雙重效力，惟仲裁法第2條亦規定：「約定應付仲裁之協議，非關於一定之法律關係，及由該法律關係所生之爭議而為者，不生效力。」所以凡因履行投資契約所生之法律關係或衍生的爭議，如情事變更、物價上漲、除外情事、不可抗力、地質條件不符原設計、不可預測等爭議，方得提付仲裁。另外，除投資契約本文及其附件外，投標文件及仲裁條款補充規定，亦屬投資契約之一部分，得提付仲裁。BOT投資契約中之仲裁條款具有獨立性，不因投資契約發生無效、解除或撤銷，而影響其效力；此即外國立法例或學說上所謂「獨立性原則」或「分離可能性原則」。